Črevná mikroflóra je dynamická sústava niekoľkých biliónov baktérií rozmiestnených v gastrointestinálnom systéme od dutiny ústnej po konečník, ktorá má za úlohu udržiavať rovnováhu a zabezpečovať trávenie. Mení sa v závislosti od veku, pridružených ochorení, stravy, užívania antibiotík a probiotík a tiež stavu hygieny a ostatných faktorov vonkajšieho prostredia. Diéta bohatá na vlákninu napríklad túto mikroflóru pomáha robiť pestrejšou.